Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- analyseries:start [2019/01/25 12:02] – marjolaine
+++ analyseries:start [2023/12/21 15:51] (Version actuelle) – s.zaragosi_gmail.com
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+=====QAnalySeries=====
+https://paloz.marum.de/QAnalySeriesWASM/index.html
+=====Probabilistic stacks=====
+https://github.com/gibbs-hmm/HMM-Match/tree/master
+https://github.com/seonminahn/HMM-Stack
+You need Matlab (it can be a free trial), with the Optimisation Toolbox and the Statistics and Machine Learning Toolbox add-ons installed. Matlab available here: 3050 https://matlab.mathworks.com/ (Ahn et al., 2017)’s paper directs you to download it from here:
+https://github.com/seonminahn/HMM-Stack
+However, it is buggy and does not run. If you use the version from here:
+https://github.com/gibbs-hmm/HMM-Match
+it runs. There is the problem that, although it is Matlab code and runs in Matlab, it requires Matlab to be running 3055 in a Linux environment.
 ====== ANALYSERIE sous MAC et maintenant sous WINDOWS ======
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 Sous Windows :
-> Clic droit sur "Démarrer" (maintenant c'est une petite fenêtre à 4 carreaux) ;
+  *   Clic droit sur "Démarrer" (maintenant c'est une petite fenêtre à 4 carreaux) ;
-> Cliquer sur "Paramètres"
+  *   Cliquer sur "Paramètres"
-> Une fenêtre s'ouvre --> cliquer sur "Heure et Langue" ;
+  *   Une fenêtre s'ouvre --> cliquer sur "Heure et Langue" ;
-> A droite, il y a un menu (ou une "sidebar", une barre latérale de menus) : dans "Paramètres associés", cliquer sur "Paramètres de date, d'heure et régionaux supplémentaires" ;
+  *   A droite, il y a un menu (ou une "sidebar", une barre latérale de menus) : dans "Paramètres associés", cliquer sur "Paramètres de date, d'heure et régionaux supplémentaires" ;
-> Une fenêtre s'ouvre --> dans "Région", cliquer sur "Modifier les formats de date, d'heure ou de nombre" ;
+  *   Une fenêtre s'ouvre --> dans "Région", cliquer sur "Modifier les formats de date, d'heure ou de nombre" ;
-> Une fenêtre s'ouvre --> dans l'onglet "Formats", cliquer sur "Paramètres supplémentaires" ;
+  *   Une fenêtre s'ouvre --> dans l'onglet "Formats", cliquer sur "Paramètres supplémentaires" ;
-> Une fenêtre s'ouvre --> dans l'onglet "Nombres", case "Symbole décimal", changer la virgule par un point ;
+  *   Une fenêtre s'ouvre --> dans l'onglet "Nombres", case "Symbole décimal", changer la virgule par un point ;
-> Cliquer sur Ok ;
+  *   Cliquer sur Ok ;
-> Cliquer sur Ok.
+  *   Cliquer sur Ok.
 Sous Mac, le symbole décimal est automatiquement un point.
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 Il est essentiel de modifier ce paramètre, cela vous enlèvera bien des problèmes associés à des logiciels autres qu'Analyseries.
-De plus, après avoir fait ça, quand vous convertirez un fichier Excel (ou autre tableur) en fichier texte (.txt séparateur : Tabulation), Analyseries sous Mac ET sous Windows mangera automatiquement et sans se plaindre tous vos fichiers, sans avoir à passer par des étapes intermédiaires tortueuses.
+De plus, après avoir fait ça, quand vous convertirez un fichier Excel (ou autre tableur) en fichier texte (.txt séparateur : Tabulation), Analyseries sous Mac ET sous Windows mangera automatiquement et sans se plaindre tous vos fichiers, sans avoir à passer par des étapes intermédiaires tortueuses (Cf. faire copier-coller des colonnes du tableur dans Libre-office texte).
-===== Calage Courbes =====
+===== Utilisation d'Analyseries =====
-  - Utiliser des fichiers .xls
-  - Sous analyserie, ouvrir un nouveau worksheet.
+Pour le bon fonctionnement du logiciel, suivre les étapes précédentes et suivantes à la lettre. Si votre Analyseries ne lit pas votre fichier ou ne veut pas faire de corrélations, reprenez le protocole point par point.
-  - Copier les colonnes du fichier excel à corréler dans le worksheet.
+Si ça ne veut toujours pas fonctionner, enregistrez votre fichier avec NotePad++, ça devrait résoudre le souci.
-  - Renommer correctement chaque colonne si besoin
-  - Sélectionner les données de courbes à corréler, aller dans l'onglet "dating", puis "linage".
+  *   Les données numériques doivent être le plus épurée possible : pas d'accents, pas d'espace, pas de caractère spécial, pas de symboles.
-  - Bien indiquer qu'elle sera la courbe de référence et qu'elle sera la courbe à caler ("distorted").
+  *   Le titre des colonnes doit être court et concis (si Analyseries ne veut vraiment pas lire votre fichier alors que vous pensez avoir très bien suivi le protocole, essayez de rentrer votre fichier sans titre de colonne, parfois un caractère spécial s'y est glissé sans qu'on le voit.)
-  - Pour caler les courbes dans la fenêtre "correlation windows" :
+  *   Le séparateur décimal doit absolument être **un point**.
-         - maj + clic pour tracer une corrélation
+  *   Votre fichier ne doit contenir que 2 colonnes : l'axe des X et l'axe des Y.
+  *   Toujours enregistrer les fichiers en .txt : Sous Excel (ou autre tableur) : Fichier, Enregistrer sous..., Texte (séparateur : Tabulations). Donner un titre court et simple au fichier.
+==== Sous Analyserie (version MAC) : ====
+N.B. : Toute la description ici est faite avec un clavier PC. Pour celles et ceux qui n'ont pas l'habitude des Mac, mieux vaut enregistrer vos fichiers .txt dans un dossier sur le bureau, facile d'accès. Ici, le dossier exemple s'appelle "ANALYSERIES TXT", placé sur le Bureau.
+  - File --> New
+  - Une fenêtre s'ouvre : "Worksheet 1"
+  - File --> Open Data --> Bureau --> ANALYSERIES TXT --> Cliquer sur le fichier choisi.
+Si le fichier est au bon format, Analyseries pourra lire le contenu, qui s'affichera dans la fenêtre de droite.
+  - Cliquer sur Open.
+  - Une fenêtre s'ouvre : en 1 se trouve l'axe des abscisses (x), en 2 l'axe des ordonnées (y). Cliquer sur OK.
+  - Dans la fenêtre Worksheet, le nombre de données est indiqué à droite. Si le nombre n'est pas bon, refaire la manip en vérifiant au préalable que votre fichier .txt est au bon format.
+  - Renouveler la manip pour importer le second fichier.
+Pour faire une corrélation pic à pic :
+  - Dans la fenêtre Worksheet 1, sélectionner les deux fichiers avec la touche "SHIFT".
+  - Dans le menu en haut aller dans "Dating"
+  - Cliquer sur "Linage"
+  - Une fenêtre s'ouvre : indiquer quelle est la courbe de référence et la courbe à "distordre"
+  - CLiquer sur Ok.
+  - Plusieurs fenêtres s'ouvrent, la fenêtre des corrélations, avec les deux courbes l'une au-dessus de l'autre, le taux de sédimentation calculé sur la base des corrélations (sedimentation rate), l'échelle d'âge (Age scale) et sous la fenêtre de sedimentation rate, il y a la fenêtre montrant les deux courbes l'une sur l'autre.
+  - Pour faire les corrélations :
+         - Sur une des deux courbes (peu importe laquelle) : maj + clic pour tracer une corrélation
          - alt + clic pour effacer une corrélation
-  - Fermer "linage" : "Close Linage"
-  - Enregistrer le worksheet. Les données de pointage sont sauvegardées automatiquement.
+Pour que la corrélation soit la plus juste possible, dessiner le moins de points possible et avoir la droite d'échelle d'âge la moins tordue possible.
+Une fois la corrélation terminée :
+  - File --> Close Linage
+ça permet de fermer la corrélation tout en la conservant, et ensuite il est possible de récupérer les données sous format .txt :
+  - File --> Save data --> ça enregistre le fichier en .txt
+  - File --> Save worksheet = Les données de pointage sont sauvegardées automatiquement.
+Ensuite, vous pouvez tout fermer sereinement.
+==== Sous Analyserie (version PC) : ====
+Le procédé est globalement le même que sous Mac.
+Ici, à titre d'exemple, les fichiers sont placés sur le Bureau, dans un dossier appelé ANALYSERIES.
+  *   File --> New
+  *   Une fenêtre s'ouvre : "Worksheet 1"
+  *   File --> Open Data --> Bureau --> ANALYSERIES --> Cliquer sur le fichier choisi.
+  *   Cliquer sur Ouvrir.
+  *   Une fenêtre s'ouvre "Input Data" : en haut se trouve l'axe des abscisses (x), en bas l'axe des ordonnées (y). Cliquer sur OK.
+  *   Dans la fenêtre Worksheet, le nombre de données est indiqué à droite (Lenght). Si le nombre n'est pas bon, refaire la manip en vérifiant au préalable que votre fichier .txt est au bon format.
+  *   Renouveler la manip pour importer le second fichier.
+Pour faire une corrélation pic à pic :
+  - Dans la fenêtre Worksheet 1, sélectionner les deux fichiers avec la touche "CTRL".
+  - Dans le menu en haut aller dans "Graphical Tools"
+  - Cliquer sur "Linage"
+  - Une fenêtre s'ouvre : indiquer quelle est la courbe de référence et la courbe à "distordre"
+  - CLiquer sur Ok.
+  - Plusieurs onglets s'ouvrent : "Correlation Window" avec les deux courbes l'une au-dessus de l'autre, "Age Scale", "Sedimentation rate" et "Correlation between series". Ce dernier onglet permet de voir la superposition des deux courbes.
+  - Pour faire les corrélations :
+         - Sur une des deux courbes (peu importe laquelle) : appuyer sur la lettre "a" (pour "add") tout en passant le long de la courbe. Quand une petite croix bleue apparaît en haut à gauche du pointeur, cliquer sur le courbe : un pointeur est mis.
+         - Pour supprimer un point, appuyer sur "d" (pour "delete") et cliquer sur le point à supprimer.
+Pour que la corrélation soit la plus juste possible, dessiner le moins de points possible et avoir la droite d'échelle d'âge la moins tordue possible.
+Une fois la corrélation terminée :
+  - File --> Save data --> ça enregistre le fichier en .txt
+  - File --> Save worksheet = Les données de pointage sont sauvegardées automatiquement.
+Ensuite, vous pouvez tout fermer sereinement.
 ===== Installer sur PC =====
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 {{ :analyseries:osx10.zip |}}
+//Ci-après, une méthode qui peut se révéler utile pour copier-coller la donnée directement d'un tableur dans Analyseries :
 Installer LibreOffice V 5.0.6.3 [[https://downloadarchive.documentfoundation.org/libreoffice/old/5.0.6.3/mac/x86_64/LibreOffice_5.0.6.3_MacOS_x86-64.dmg|Installer LibreOffice V 5.0.6.3 ]]
-Et faire les copier-coller depuis le traitement de texte libre office, surtout pas le tableur.
+Et faire les copier-coller depuis le traitement de texte libre office, surtout pas le tableur.//