====== CLAM ======
===== Installation =====
[[http://chrono.qub.ac.uk/blaauw/clam.html|Manuel en ligne & téléchargement]]

===== Préparation des données =====
  - Sous le répertoire clam créez un répertoire (NomCarotte)
  - Dans ce répertoire mettez vos données dans {{:clam:pp1007.zip|ce}} format. Utilisez directement notepad pour rentrer les ages. Le fichier doit obligatoirement s'appeler NomCarotte.csv.
  - Pour rentrer les données à partir d'Excel, vous pouvez utiliser ce {{:clam:md12-3412.xlsx|modèle}}, puis enregistrer sous CSV séparateur point-virgule. Il faut ensuite avec un éditeur supprimer les points-virgules.
  - Si les ages sont déjà calibrés, les mettre dans la colonne "cal_BP".
  - Si les ages doivent être calibrés, les mettre dans la colonne "C14_age".
  - L'erreur doit être spécifiée dans les deux cas.
  - L'age réservoir par défaut est celui de Marine13 mais vous pouvez le spécifier dans la colonne "reservoir"

===== Utilisation de Clam =====
  - Ouvrir R
  - Indiquer répertoire travail "Fichier - Changer de répertoire courant" et mettre celui de Clam.
  - Charger le script clam : source('clam.R')
  - Voir les différents répertoires des carottes : cores
  - Pour lancer clam : clam("NomCarotte")
  - Pour utiliser la courbe de calibration Marine13 : cc=2


==== Réglages de Clam ====
=== Modes de régressions ===
    * Interpolation linéaire : type=1
    * Régression linéaire : type=2
    * Régression ordre 3 : type=2,smooth=3
    * Cubic spline : type=3
    * Smooth spline : type=4

=== Interpoler au delà de la première et/ou dernière date === 
    * Commencer l'interpolation à 0cm et finir à 2100cm : dmin=0, dmax=2100

=== Limiter l'interpolation à une période ===
    * Commencer l'interpolation à 10 000 ans et finir à 20 000 ans : yrmin=10000, yrmax=20000

=== Ignorer des dates ===
  * Ignorer la 5e date : ignore=5
  * Ignorer le 5e date mais la laisser sur le graph : outliers=5
  * Ignorer les dates 5 et 6 : outliers=c(5,6)
  * Colorer les dates ignorées : outcol="red"

=== Pas d’échantillonnage ===
  * Pas d’échantillonnage = 0.1 cm : every=0.1

=== Epaisseur de l'échantillon daté ===
  * Epaisseur d'échantillonage de 1 cm : thickness=1

=== Taux de sédimentation ===
  * taux de sédimentation en cm:yr : accrate=1

=== Inverser les axes ===
  * inverser l'axe des ages: revyr=FALSE
  * inverser l'axe des profondeurs: revd=FALSE
  * inverser les axes entre eux (y=age;x=depth):revaxes=FALSE

==== Commandes qui fonctionnent ====

clam("MD12-3417",cc=2,accrate=1,outliers=c(3,6),outcol="red",every=0.1,thickness=1,dmax=4113,type=1)

clam("MD12-3412",cc=2,accrate=1,outliers=c(8,20,21),outcol="red",every=0.1,thickness=1,type=1)

clam("Kane2B",cc=2,accrate=1,outliers=c(4),outcol="red",every=0.1,thickness=1,dmin=0,dmax=421.5,type=4)

clam('HT15A1',cc=2,accrate=1,every=1,thickness=1,type=4)

clam('HT15A1ST',cc=2,ignore=7, outliers=c(3), accrate=1,every=1,thickness=1,type=1)

Celui de Kelly
clam("MD12-3412",cc=2, every=1, accrate=1, thickness=1, type=1, outliers=c(3), outcol="red")

Attention pour que le copié-collé fonctionne il faut écrire à nouveau les guillemets.