===== Comptage semi-automatique des lamines =====

Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible [[http://rsb.info.nih.gov/ij/|ici]])

==== Partie 1 sous Photoshop ====

Sous Photoshop ouvrez les fichier rX sources en 16 bits.

Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage **Image - Réglages - Niveaux**.

Rotation 90° sens horaire **Image - Rotation de l'image**.

Vous pouvez faire un script puis traitement par lots sur tout le répertoire.

Mettez chaque image a sa taille réelle : **Image - Taille de l'image - Hauteur**. Attention de bien décocher **Réechantillonnage**.

Avec l'outil Ellipse dessinez des ellipses dont la hauteur est égale à l'épaisseur de lamines.

{{:lamines:2013-12-13_16h56_53.png?100|}}

Une fois les ellipses dessinées enregistrer au format .psd afin de conserver les calques.

Supprimer le calque d'arrière plan avec l'image rX

Aplatissez les calques : **Calques - Aplatir**

Passez en Bitmap : **Image - Mode - 8/bits par couche** puis **Image - Mode - Bitmap**

Enregistrer au format .tif

==== Partie 2 sous ImageJ ====

Ouvrez l'image dans ImageJ (le drag & drop fonctionne).

Vérifiez que la taille de l'image est la bonne (c'est écrit en haut de l'image).

Faire un seuillage automatique pour passer en noir et blanc **Image - Adjust - Threshold - Auto - Apply**.

Définissez les analyses à effectuer : **Analyses - Set measurements**.
Sélectionner "centroïd"

{{:lamines:2013-12-13_17h16_32.png?300|}}

Lancer l'analyse : **Analyse - Analyse particles**.

{{:lamines:2013-12-13_17h18_59.png?200|}}

Puis **File - Save as** - trXX.txt

Répétez la manipulation pour chaque tronçon.

==== Partie 3 sous Excel ====

Compilez le tout sous Excel en mettant les bonnes cotes aux valeurs BY de chaque tronçon.

Y = centre de l'ellipse

Height = épaisseur de l'ellipse

Partie sous-totaux à détailler plus tard.