CLAM

Manuel en ligne & téléchargement

1. Sous le répertoire clam créez un répertoire (NomCarotte)
2. Dans ce répertoire mettez vos données dans ce format. Utilisez directement notepad pour rentrer les ages. Le fichier doit obligatoirement s'appeler NomCarotte.csv.
3. Pour rentrer les données à partir d'Excel, vous pouvez utiliser ce modèle, puis enregistrer sous CSV séparateur point-virgule. Il faut ensuite avec un éditeur supprimer les points-virgules.
4. Si les ages sont déjà calibrés, les mettre dans la colonne “cal_BP”.
5. Si les ages doivent être calibrés, les mettre dans la colonne “C14_age”.
6. L'erreur doit être spécifiée dans les deux cas.
7. L'age réservoir par défaut est celui de Marine13 mais vous pouvez le spécifier dans la colonne “reservoir”

1. Ouvrir R
2. Indiquer répertoire travail “Fichier - Changer de répertoire courant” et mettre celui de Clam.
3. Charger le script clam : source('clam.R')
4. Voir les différents répertoires des carottes : cores
5. Pour lancer clam : clam(“NomCarotte”)
6. Pour utiliser la courbe de calibration Marine13 : cc=2

• Interpolation linéaire : type=1
• Régression linéaire : type=2
• Régression ordre 3 : type=2,smooth=3
• Cubic spline : type=3
• Smooth spline : type=4

• Commencer l'interpolation à 0cm et finir à 2100cm : dmin=0, dmax=2100

• Commencer l'interpolation à 10 000 ans et finir à 20 000 ans : yrmin=10000, yrmax=20000

• Ignorer la 5e date : ignore=5
• Ignorer le 5e date mais la laisser sur le graph : outliers=5
• Ignorer les dates 5 et 6 : outliers=c(5,6)
• Colorer les dates ignorées : outcol=“red”

• Pas d’échantillonnage = 0.1 cm : every=0.1

• Epaisseur d'échantillonage de 1 cm : thickness=1

• taux de sédimentation en cm:yr : accrate=1

• inverser l'axe des ages: revyr=FALSE
• inverser l'axe des profondeurs: revd=FALSE
• inverser les axes entre eux (y=age;x=depth):revaxes=FALSE

clam(“MD12-3417”,cc=2,accrate=1,outliers=c(3,6),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,dmax=4113,type=1)

clam(“MD12-3412”,cc=2,accrate=1,outliers=c(8,20,21),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,type=1)

clam(“Kane2B”,cc=2,accrate=1,outliers=c(4),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,dmin=0,dmax=421.5,type=4)

clam('HT15A1',cc=2,accrate=1,every=1,thickness=1,type=4)

clam('HT15A1ST',cc=2,ignore=7, outliers=c(3), accrate=1,every=1,thickness=1,type=1)

Celui de Kelly clam(“MD12-3412”,cc=2, every=1, accrate=1, thickness=1, type=1, outliers=c(3), outcol=“red”)

Attention pour que le copié-collé fonctionne il faut écrire à nouveau les guillemets.