clam:start
Table des matières
CLAM
Installation
Préparation des données
- Sous le répertoire clam créez un répertoire (NomCarotte)
- Dans ce répertoire mettez vos données dans ce format. Utilisez directement notepad pour rentrer les ages. Le fichier doit obligatoirement s'appeler NomCarotte.csv.
- Pour rentrer les données à partir d'Excel, vous pouvez utiliser ce modèle, puis enregistrer sous CSV séparateur point-virgule. Il faut ensuite avec un éditeur supprimer les points-virgules.
- Si les ages sont déjà calibrés, les mettre dans la colonne “cal_BP”.
- Si les ages doivent être calibrés, les mettre dans la colonne “C14_age”.
- L'erreur doit être spécifiée dans les deux cas.
- L'age réservoir par défaut est celui de Marine13 mais vous pouvez le spécifier dans la colonne “reservoir”
Utilisation de Clam
- Ouvrir R
- Indiquer répertoire travail “Fichier - Changer de répertoire courant” et mettre celui de Clam.
- Charger le script clam : source('clam.R')
- Voir les différents répertoires des carottes : cores
- Pour lancer clam : clam(“NomCarotte”)
- Pour utiliser la courbe de calibration Marine13 : cc=2
Réglages de Clam
Modes de régressions
- Interpolation linéaire : type=1
- Régression linéaire : type=2
- Régression ordre 3 : type=2,smooth=3
- Cubic spline : type=3
- Smooth spline : type=4
Interpoler au delà de la première et/ou dernière date
- Commencer l'interpolation à 0cm et finir à 2100cm : dmin=0, dmax=2100
Limiter l'interpolation à une période
- Commencer l'interpolation à 10 000 ans et finir à 20 000 ans : yrmin=10000, yrmax=20000
Ignorer des dates
- Ignorer la 5e date : ignore=5
- Ignorer le 5e date mais la laisser sur le graph : outliers=5
- Ignorer les dates 5 et 6 : outliers=c(5,6)
- Colorer les dates ignorées : outcol=“red”
Pas d’échantillonnage
- Pas d’échantillonnage = 0.1 cm : every=0.1
Epaisseur de l'échantillon daté
- Epaisseur d'échantillonage de 1 cm : thickness=1
Taux de sédimentation
- taux de sédimentation en cm:yr : accrate=1
Inverser les axes
- inverser l'axe des ages: revyr=FALSE
- inverser l'axe des profondeurs: revd=FALSE
- inverser les axes entre eux (y=age;x=depth):revaxes=FALSE
Commandes qui fonctionnent
clam(“MD12-3417”,cc=2,accrate=1,outliers=c(3,6),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,dmax=4113,type=1)
clam(“MD12-3412”,cc=2,accrate=1,outliers=c(8,20,21),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,type=1)
clam(“Kane2B”,cc=2,accrate=1,outliers=c(4),outcol=“red”,every=0.1,thickness=1,dmin=0,dmax=421.5,type=4)
clam('HT15A1',cc=2,accrate=1,every=1,thickness=1,type=4)
clam('HT15A1ST',cc=2,ignore=7, outliers=c(3), accrate=1,every=1,thickness=1,type=1)
Celui de Kelly clam(“MD12-3412”,cc=2, every=1, accrate=1, thickness=1, type=1, outliers=c(3), outcol=“red”)
Attention pour que le copié-collé fonctionne il faut écrire à nouveau les guillemets.
clam/start.txt · Dernière modification : 2018/04/25 17:20 de zaragosi