Table des matières
Comptage semi-automatique des lamines
Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible ici)
Partie 1 sous Photoshop
Sous Photoshop ouvrez les fichier rX sources en 16 bits.
Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage Image - Réglages - Niveaux.
Rotation 90° sens horaire Image - Rotation de l'image.
Vous pouvez faire un script puis traitement par lots sur tout le répertoire.
Mettez chaque image a sa taille réelle : Image - Taille de l'image - Hauteur. Attention de bien décocher Réechantillonnage.
Avec l'outil Ellipse dessinez des ellipses dont la hauteur est égale à l'épaisseur de lamines.
Une fois les ellipses dessinées enregistrer au format .psd afin de conserver les calques.
Supprimer le calque d'arrière plan avec l'image rX
Aplatissez les calques : Calques - Aplatir
Passez en Bitmap : Image - Mode - 8/bits par couche puis Image - Mode - Bitmap
Enregistrer au format .tif
Partie 2 sous ImageJ
Ouvrez l'image dans ImageJ (le drag & drop fonctionne).
Vérifiez que la taille de l'image est la bonne (c'est écrit en haut de l'image).
Faire un seuillage automatique pour passer en noir et blanc Image - Adjust - Threshold - Auto - Apply.
Définissez les analyses à effectuer : Analyses - Set measurements. Sélectionner “centroïd”
Lancer l'analyse : Analyse - Analyse particles.
Puis File - Save as - trXX.txt
Répétez la manipulation pour chaque tronçon.
Partie 3 sous Excel
Compilez le tout sous Excel en mettant les bonnes cotes aux valeurs BY de chaque tronçon.
Y = centre de l'ellipse
Height = épaisseur de l'ellipse
Partie sous-totaux à détailler plus tard.