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lamines:start

Comptage semi-automatique des lamines

Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible ici)

Partie 1 sous Photoshop

Sous Photoshop ouvrez les fichier rX sources en 16 bits.

Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage Image - Réglages - Niveaux.

Rotation 90° sens horaire Image - Rotation de l'image.

Vous pouvez faire un script puis traitement par lots sur tout le répertoire.

Mettez chaque image a sa taille réelle : Image - Taille de l'image - Hauteur. Attention de bien décocher Réechantillonnage.

Avec l'outil Ellipse dessinez des ellipses dont la hauteur est égale à l'épaisseur de lamines.

Une fois les ellipses dessinées enregistrer au format .psd afin de conserver les calques.

Supprimer le calque d'arrière plan avec l'image rX

Aplatissez les calques : Calques - Aplatir

Passez en Bitmap : Image - Mode - 8/bits par couche puis Image - Mode - Bitmap

Enregistrer au format .tif

Partie 2 sous ImageJ

Ouvrez l'image dans ImageJ (le drag & drop fonctionne).

Vérifiez que la taille de l'image est la bonne (c'est écrit en haut de l'image).

Faire un seuillage automatique pour passer en noir et blanc Image - Adjust - Threshold - Auto - Apply.

Définissez les analyses à effectuer : Analyses - Set measurements. Sélectionner “centroïd”

Lancer l'analyse : Analyse - Analyse particles.

Puis File - Save as - trXX.txt

Répétez la manipulation pour chaque tronçon.

Partie 3 sous Excel

Compilez le tout sous Excel en mettant les bonnes cotes aux valeurs BY de chaque tronçon.

Y = centre de l'ellipse

Height = épaisseur de l'ellipse

Partie sous-totaux à détailler plus tard.

lamines/start.txt · Dernière modification : 2015/02/03 12:05 de zaragosi