Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- clam:start [2015/03/19 16:43] – [Réglages de Clam] zaragosi
+++ clam:start [2018/04/25 17:20] (Version actuelle) – [Commandes qui fonctionnent] zaragosi
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   - Sous le répertoire clam créez un répertoire (NomCarotte)
   - Dans ce répertoire mettez vos données dans {{:clam:pp1007.zip|ce}} format. Utilisez directement notepad pour rentrer les ages. Le fichier doit obligatoirement s'appeler NomCarotte.csv.
+  - Pour rentrer les données à partir d'Excel, vous pouvez utiliser ce {{:clam:md12-3412.xlsx|modèle}}, puis enregistrer sous CSV séparateur point-virgule. Il faut ensuite avec un éditeur supprimer les points-virgules.
   - Si les ages sont déjà calibrés, les mettre dans la colonne "cal_BP".
   - Si les ages doivent être calibrés, les mettre dans la colonne "C14_age".
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   - Ouvrir R
   - Indiquer répertoire travail "Fichier - Changer de répertoire courant" et mettre celui de Clam.
-  - Charger le script clam : > source('clam.R')
+  - Charger le script clam : source('clam.R')
-  - Voir les différents répertoires des carottes : > cores
+  - Voir les différents répertoires des carottes : cores
-  - Pour lancer clam : > clam("NomCarotte")
+  - Pour lancer clam : clam("NomCarotte")
-  - Pour utiliser la courbe de calibration Marine13 > clam("NomCarotte",cc=2)
+  - Pour utiliser la courbe de calibration Marine13 : cc=2
 ==== Réglages de Clam ====
 === Modes de régressions ===
-    * Interpolation linéaire : > clam("NomCarotte",type=1)
+    * Interpolation linéaire : type=1
-    * Régression linéaire : > clam("NomCarotte",type=2)
+    * Régression linéaire : type=2
-    * Régression ordre 3 : > clam("NomCarotte",type=2,smooth=3)
+    * Régression ordre 3 : type=2,smooth=3
-    * Cubic spline : > clam("NomCarotte",type=3)
+    * Cubic spline : type=3
-    * Smooth spline : > clam("NomCarotte",type=4)
+    * Smooth spline : type=4
 === Interpoler au delà de la première et/ou dernière date ===
-    * clam("NomCarotte",type=3,dmin=0,dmax=2100)
+    * Commencer l'interpolation à 0cm et finir à 2100cm : dmin=0, dmax=2100
-=== Ignorer une date ===
+=== Limiter l'interpolation à une période ===
-  * Ignorer la 5e date : clam("MD12-3417",cc=2,ignore=5,type=1)
+    * Commencer l'interpolation à 10 000 ans et finir à 20 000 ans : yrmin=10000, yrmax=20000
+=== Ignorer des dates ===
+  * Ignorer la 5e date : ignore=5
   * Ignorer le 5e date mais la laisser sur le graph : outliers=5
-  * Colorer la 5e date ignorée : > outcol="red"
+  * Ignorer les dates 5 et 6 : outliers=c(5,6)
+  * Colorer les dates ignorées : outcol="red"
 === Pas d’échantillonnage ===
-  * Pas d’échantillonnage = 10 cm : >clam("MD12-3417",cc=2,every=0.1,type=1)
+  * Pas d’échantillonnage = 0.1 cm : every=0.1
 === Epaisseur de l'échantillon daté ===
-  * Epaisseur d'échantillonage de 1 cm : > thickness=1
+  * Epaisseur d'échantillonage de 1 cm : thickness=1
-=== Pas du modèle d'age ===
-  * Pas de 0.1cm : > every=1
 === Taux de sédimentation ===
-  * taux de sédimentation en cm:yr : > accrate=1
+  * taux de sédimentation en cm:yr : accrate=1
+=== Inverser les axes ===
+  * inverser l'axe des ages: revyr=FALSE
+  * inverser l'axe des profondeurs: revd=FALSE
+  * inverser les axes entre eux (y=age;x=depth):revaxes=FALSE
+==== Commandes qui fonctionnent ====
+clam("MD12-3417",cc=2,accrate=1,outliers=c(3,6),outcol="red",every=0.1,thickness=1,dmax=4113,type=1)
+clam("MD12-3412",cc=2,accrate=1,outliers=c(8,20,21),outcol="red",every=0.1,thickness=1,type=1)
+clam("Kane2B",cc=2,accrate=1,outliers=c(4),outcol="red",every=0.1,thickness=1,dmin=0,dmax=421.5,type=4)
+clam('HT15A1',cc=2,accrate=1,every=1,thickness=1,type=4)
+clam('HT15A1ST',cc=2,ignore=7, outliers=c(3), accrate=1,every=1,thickness=1,type=1)
+Celui de Kelly
+clam("MD12-3412",cc=2, every=1, accrate=1, thickness=1, type=1, outliers=c(3), outcol="red")
+Attention pour que le copié-collé fonctionne il faut écrire à nouveau les guillemets.