Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- lamines:start [2013/12/13 16:45] – zaragosi
+++ lamines:start [2015/02/03 12:05] (Version actuelle) – zaragosi
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+===== Comptage semi-automatique des lamines =====
-Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible [[http://rsb.info.nih.gov/ij/|ici]]
+Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible [[http://rsb.info.nih.gov/ij/|ici]])
+==== Partie 1 sous Photoshop ====
 Sous Photoshop ouvrez les fichier rX sources en 16 bits.
-Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage Image-Réglages-Niveaux
+Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage **Image - Réglages - Niveaux**.
-Rotation 90° sens horaire
+Rotation 90° sens horaire **Image - Rotation de l'image**.
 Vous pouvez faire un script puis traitement par lots sur tout le répertoire.
+Mettez chaque image a sa taille réelle : **Image - Taille de l'image - Hauteur**. Attention de bien décocher **Réechantillonnage**.
+Avec l'outil Ellipse dessinez des ellipses dont la hauteur est égale à l'épaisseur de lamines.
+{{:lamines:2013-12-13_16h56_53.png?100|}}
+Une fois les ellipses dessinées enregistrer au format .psd afin de conserver les calques.
+Supprimer le calque d'arrière plan avec l'image rX
+Aplatissez les calques : **Calques - Aplatir**
+Passez en Bitmap : **Image - Mode - 8/bits par couche** puis **Image - Mode - Bitmap**
+Enregistrer au format .tif
+==== Partie 2 sous ImageJ ====
+Ouvrez l'image dans ImageJ (le drag & drop fonctionne).
+Vérifiez que la taille de l'image est la bonne (c'est écrit en haut de l'image).
+Faire un seuillage automatique pour passer en noir et blanc **Image - Adjust - Threshold - Auto - Apply**.
+Définissez les analyses à effectuer : **Analyses - Set measurements**.
+Sélectionner "centroïd"
+{{:lamines:2013-12-13_17h16_32.png?300|}}
+Lancer l'analyse : **Analyse - Analyse particles**.
+{{:lamines:2013-12-13_17h18_59.png?200|}}
+Puis **File - Save as** - trXX.txt
+Répétez la manipulation pour chaque tronçon.
+==== Partie 3 sous Excel ====
+Compilez le tout sous Excel en mettant les bonnes cotes aux valeurs BY de chaque tronçon.
+Y = centre de l'ellipse
+Height = épaisseur de l'ellipse
+Partie sous-totaux à détailler plus tard.