Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- lamines:start [2013/12/13 17:25] – zaragosi
+++ lamines:start [2015/02/03 12:05] (Version actuelle) – zaragosi
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-==== Comptage semi-automatique des lamines ====
+===== Comptage semi-automatique des lamines =====
-Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible [[http://rsb.info.nih.gov/ij/|ici]]
+Logiciels nécessaires : Photoshop, Excel et ImageJ (disponible [[http://rsb.info.nih.gov/ij/|ici]])
-=== Partie 1 sous Photoshop ===
+==== Partie 1 sous Photoshop ====
 Sous Photoshop ouvrez les fichier rX sources en 16 bits.
-Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage Image-Réglages-Niveaux
+Égalisation sur tous les tronçons avec le même réglage **Image - Réglages - Niveaux**.
-Rotation 90° sens horaire.
+Rotation 90° sens horaire **Image - Rotation de l'image**.
 Vous pouvez faire un script puis traitement par lots sur tout le répertoire.
-Mettez chaque image a sa taille réelle : Image - Taille de l'image - Hauteur Attention de bien décocher Réechantillonnage.
+Mettez chaque image a sa taille réelle : **Image - Taille de l'image - Hauteur**. Attention de bien décocher **Réechantillonnage**.
 Avec l'outil Ellipse dessinez des ellipses dont la hauteur est égale à l'épaisseur de lamines.
@@ Ligne 23: / Ligne 23: @@
 Supprimer le calque d'arrière plan avec l'image rX
-Aplatissez les calques : Calques - Aplatir
+Aplatissez les calques : **Calques - Aplatir**
-Passez en Bitmap : Image - Mode - 8/bits par couche puis Image - Mode - Bitmap
+Passez en Bitmap : **Image - Mode - 8/bits par couche** puis **Image - Mode - Bitmap**
 Enregistrer au format .tif
-=== Partie 2 sous ImageJ ===
+==== Partie 2 sous ImageJ ====
 Ouvrez l'image dans ImageJ (le drag & drop fonctionne).
@@ Ligne 35: / Ligne 35: @@
 Vérifiez que la taille de l'image est la bonne (c'est écrit en haut de l'image).
-Définissez les analyses à effectuer :
+Faire un seuillage automatique pour passer en noir et blanc **Image - Adjust - Threshold - Auto - Apply**.
+Définissez les analyses à effectuer : **Analyses - Set measurements**.
+Sélectionner "centroïd"
 {{:lamines:2013-12-13_17h16_32.png?300|}}
-Avec BY = base de l'ellipse et Height = épaisseur de l'ellipse
+Lancer l'analyse : **Analyse - Analyse particles**.
 {{:lamines:2013-12-13_17h18_59.png?200|}}
-Puis File - Save as - trXX.txt
+Puis **File - Save as** - trXX.txt
 Répétez la manipulation pour chaque tronçon.
+==== Partie 3 sous Excel ====
-=== Partie 3 sous Excel ===
 Compilez le tout sous Excel en mettant les bonnes cotes aux valeurs BY de chaque tronçon.
-Partie sous-totaux à détailler plus tard.
+Y = centre de l'ellipse
+Height = épaisseur de l'ellipse
+Partie sous-totaux à détailler plus tard.